被合併法人等から引き継ぎを受ける未処理欠損金に係る制限等は、支配関係が複数ある場合において、適格組織再編成等の日の属する事業年度開始日からさかのぼって5年前の日から継続して支配関係があるときには適用がありません。
平成22年度税制改正で、支配関係の継続要件の整備が行なわれました。具体的には、被合併法人等から引き継ぎを受ける未処理欠損金に係る制限や合併法人等の繰越青色欠損金額に係る制限及び特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入は、支配関係が複数ある場合において、適格組織再編成等の日の属する事業年度開始日からさかのぼって5年前の日から継続して支配関係があるときは適用がないこととされました(法人税法第57条第3項・同条第4項・第62条の7第1項・同条第3項)。
仮に、Ａ社(不動産管理業)が、Ｘ社(卸売業)とＹ社(小売業)を子会社に持つＢ社を2年前に吸収合併し、このたび、Ｘ社とＹ社を合併することとしたとし、Ｘ社とＹ社は、10年前からＢ社の子会社だったとします。
平成22年度税制改正前には、特定資本関係に異動のあった、Ａ社がＢ社を吸収合併した時点が、当該事業年度開始日の5年前の日以後である場合には、繰越欠損金の引き継ぎの制限等の適用がありました。
しかしながら、この事例のＸ社とＹ社のように、適格組織再編成等の日の属する事業年度開始日の5年前の日から継続して支配関係がある場合は、制限措置の適用がないこととされました。